Kotitietokoneilla oli useita käyttömahdollisuuksia. Niitä markkinoitiin harrastus- ja hyötykäyttöön. Tietokoneen hankkimista perheeseen perusteltiin usein sillä, että sitä voisi käyttää myös hyödyksi, vaikkapa kotikirjanpidossa. Commodore 64:ään oli saatavana tavanomaisia toimisto-ohjelmia kuten tekstinkäsittely-, taulukkolaskenta-, piirto- ja kirjanpito-ohjelmia sekä sovelluksia musiikin tekoon. Hyötyohjelmia oli kuitenkin tarjolla hyvin vähän ja ne olivat vaatimattomia. Käytännössä hyötykäyttö oli vaikeaa ja hidasta sekä vaati opettelua, ja lapset omivat koneet pelaamiseen.
Edistyneemmät harrastajat käyttivät Commodore 64:ää myös ohjelmointiin. Koneeseen sisältyi jo edeltäjässään VIC-20:ssä ollut Commodore BASIC v2.0 -tulkki. BASIC-tulkiksi se oli puutteellinen: siitä puuttuivat esimerkiksi grafiikkakäskyt, ja ohjelmoija joutui käsittelemään suoraan muistia ja asianomaisten piirien rekistereitä. BASIC-ohjelmien vaatimattoman audiovisuaalisen toiminnan vuoksi ohjelmoijat käyttivät konekielisiä alirutiineita.
Commodore BASICin ja konekielen ohessa saatavilla oli lukuisten ohjelmointikielten tulkkeja ja kääntäjiä. Näitä olivat muun muassa:
Alkuaikoina alan lehdissä julkaistiin pieniä pelejä tai hyötyohjelmia lehden sivuilla BASIC-ohjelmakoodilistauksina, joita lukijat sitten naputtelivat merkki kerrallaan koneeseen. Tähän saattoi kulua useita tunteja. Kun listaus vihdoin saatiin kirjoitettua, jännitettiin toimiiko ohjelma. Yleensä lyöntivirheitä aina sattui, ja sitten koodia oikoluettiin tuntikausia, kunnes se saatiin toimimaan, jos saatiin. Joskus lehdessä oli painovirhe, mikä erityisesti aiheutti päänvaivaa, sillä se selvisi vasta lehden seuraavan numeron ilmestyttyä.
Yleisradiolla oli myös radio-ohjelma Silikoni, jossa vastaavia ohjelmakoodeja lähetettiin radion välityksellä äänisignaalina. Kuuntelija tallensi sirinän radionauhurilla, jonka jälkeen se ladattiin tietokoneeseen kasettiasemalta. Jotkut saivat näin lähetetyn koodin jopa toimimaan.
Näyte radio-ohjelmasta Ylen Elävässä arkistossa osoitteessa (kopioi selaimen osoiteriville):
http://yle.fi/aihe/artikkeli/2010/05/24/silikoni-lahetti-radiossa-surisevia-ja-piipittavia-tietokoneohjelmia
Pelaaminen oli suosituinta ajanvietettä kotitietokoneella 80-luvulla. Commodore 64:n suosion takasikin aikoinaan huima pelivalikoima. Pelien sekaan mahtui suuri joukko onnettomia kyhäelmiä, joiden vastapainoksi löytyi kuitenkin monia helmiä. Tällaisia klassikkoja olivat muun muassa Defender of the Crown, Elite, Pirates!, Gauntlet, Last Ninja ja Paradroid.
Kilpailussa pelaajien suosiosta Commodore 64 kiilasikin pelivalikoimallaan heittämällä ohi varsinaisten pelikonsolien. Pelit olivat myös kehittyneempiä. Sekin toi lisämielenkiintonsa konsoleihin verrattuna, että tietokoneella pystyi tekemään muutakin. Varmasti merkittävimpiin kuuluva seikka lienee ollut se, että pelejä oli helppo kopioida kavereilta. Niinpä Commodore 64 käytännössä syrjäytti pelikonsolit pitkäksi aikaa. Ensimmäinen varteenotettava kilpaileva pelikone, 8-bittinen Nintendo Entertainment System -konsoli Super Mario Bros. -tasohyppelypelin siivittämänä ilmestyi markkinoille 80-luvun loppupuolella.