NVU:n asetuksia säädetään Tools - Preferences-valikon kautta. NVU:n perusasetukset ovat kohtuullisen hyvin kohdallaan, mutta muutamissa kohdissa on hyvä harrastaa pientä säätöä.
Ensimmäisenä asetusvalikkona on General.
Tästä valikosta kannattaa vaihtaa kohdasta When Saving or Publishing Pages valinta ruutuun Reformat HTML source. Tällöin NVU muotoilee varsinaisen HTML-koodin paremmin ja koodista tulee helppolukuisempaa. Esimerkiksi kappalemuotoiluista vaihdetaan riviä myös koodissa, ei vain näytöllä.
Fonts-valikko määrittää käytettävät fontit NVU:n työtilassa. Jos pohjassa on jokin tyylimäärittely, ei näistä välitetä, vaan käytetään tyylimäärittelyn fontteja.
New Page-valinta taas kertoo uuden sivun määritykset:
Nämä valinnat koskevat kaikkia sivuja, joita luodaan. Näin ollen jos täältä valitsee punaisen taustavärin sivulle, kaikki uudet sivut saavat tästälähin punaisen taustavärin.
Viimeisellä rivillä valitaan merkistö (Character set). Tavallisimmat käytetyistä merkistöistä ovat ISO-8859-1, ISO-8859-15 sekä UTF-8. Kahden ensimmäisen ero on siinä, että 15 sisältää euron merkin (¤). Viimeinen taas on ns. Unicode-merkistön määritys. Unicode on perinteistä "länsimaista" merkistöä laajempi merkistö ja sisältää niiden lisäksi muidenkin kansallisuuksien merkistöjä, kuten esimerkiksi kreikan, venäjän, kiinan ja japanin kirjoitusmerkkejä. Unicode-merkistöstä lisää tietoa merkistön viralliselta sivustolta, http://www.unicode.org/.
Advanced-valikoissa säädetään erilaisia asioita, kuten Markup, joka määrittää, millaista merkkausakieltä käytetään. Valittavina ovat HTML4 ja XHTML 1.
Perusasetuksilla NVU tekee sellaista tekstiä, jota on hankala lukea, koska se merkitsee kaikki standardi-ascii -koodin ulkopuoleiset merkit ns. entiteeteillä. Näin ollen esimerkiksi ä-kirjain näkyy tekstissä merkittynä äNykyään tälle ei ole mitään tarvetta, vaan voidaan ihan hyvin käyttää "ääkkösiä" ynnä muita vastaavia kirjaimia suoraan tekstissäkin. Tietysti tällainen entiteettivalinta näkyy oikein oli sivuston merkkiasetukset muuten mitä tahansa, mutta luettavuudeltaan tällainen koodi on huonompaa.
Special characters -kohtaan voikin määrittää, että entiteetteinä käsitellään vain merkit &, <, > sekä pakotettu välilyönti (non-breakable whitespace).
Koodin kirjoittamisen kannalta kannattaa myös katsoa, miten enter (return) -näppäin toimii. Kannattaa laittaa rasti ruutuun Return in paragraph allways creates a new paragraph. Tällöin ei tarvitse erikseen käydä joka kerta kappaleenvaihdon jälkeen valitsemassa kappaletta ylälaidan valintaruudusta. Tämä tekee työskentelyn huomattavasti mukavammaksi.